April 2011    今月のトピック
お知らせ   次世代シーケンサーユーザーフォーラム 6月8日開催
今月の特集  細菌ゲノム
今月のピックアップ論文 日本からの論文を多数ご紹介
• 肝癌ゲノムの高解像度な特徴づけ
• piRNA生合成とミトコンドリアタンパク
• シーケンサーを組み合わせたアセンブル
• 植物変異検出のための迅速手法
• 感染症病原体の完全長シーケンス

お知らせ 次世代シーケンサーユーザーフォーラム 6月８日開催

第３回を迎える今年のイルミナユーザーフォーラムは、システムをお使いのお客様だけではなく、受託解析を利用されてイルミナシーケンサーをお使いのお客様にもご参加いただけます。

４名の招待講演の他、TruSeqエクソームおよびカスタム濃縮アップデート、HiSeq 600Gb、MiSeqアプリケーション、超微量100pgスタートRNA解析など、最新情報をご提供します。

今月の特集： 細菌ゲノム

デスクトップ型の次世代シーケンサーも登場し、ゲノムサイズの小さな生物種のシーケンス解析が今後はますます進みます。今月は「細菌ゲノム」にフォーカスをあて、日本そして世界の研究をご紹介します。

炭疽菌株を tag SNP で分類

バ イオテロでも有名な炭疽菌シーケンス解析です。日本で得られた株２種をゲノムシーケンス。世界で報告されている17種と比較解析し、株を見分ける80の tag SNP を選定。これまでのMLVA法（フラグメント解析）と比べ、各株の識別ができるようになり、また炭疽菌と高いゲノム配列類似性をもつセレウス菌とも区別が 可能になりました。

50bp、600〜700万リード、340〜380Mbのデータで解析。この論文を発表した国立感染症研究所は、別の論文でFQ耐性をもった炭疽菌のシーケンス解析を行い、酵素遺伝子にアミノ酸置換変異をみつけたほか、indelも確認しています。

• Genome wide single nucleotide polymorphism typing method for identification of Bacillus anthraces species and strains among B. cereus group species

• Genomewide screening for novel genetic variation associated with ciprofloxacin resistance in Bacillus anthraces

結核菌アウトブレイクをシーケンス解析

カ ナダでおきた結核菌集団感染。患者から採取した32の結核菌と、過去の4つの結核分離株を比較解析。MIRU-VNTR法は同じ遺伝型でも、高解像度次世 代シーケンサー解析では２つの系統の結核菌であることがわかり、２つの異なる集団感染が同時期に起きていた可能性のあることがわかりました。50bp、930〜 2100万リード、4.5〜10Gbで解析。

• Whole genome sequencing and social network analysis of a tuberculosis outbreak

サルモネラ菌株のゲノム特徴づけ

2000 年に日本で得られたTyphimurium 薬剤耐性の代表株T000240をゲノム配列解析。80bp、1300万リード、1Gbで解析し、Euler SRを使った de novo アセンブルで最適なリード長を計算。アセンブル結果をリファレンスゲノムと比較し、82kbのGenomic Islandや、13のISなど、T000240株がもつゲノム構造の特徴づけを行っています。

• Whole-genome analysis of Salmonella enterica serovar Typhimurium T000240 reveals the acquisition of a genomic island involved in multidrug resistance via IS1 derivatives on the chromosome

今月のピックアップ論文： 日本からの論文を多数ご紹介

肝癌ゲノムの高解像な特徴づけ
HCV感染した患者から得られた癌細胞と正常細胞をペア解析。１万を超える体細胞変異では、T>C/A>Gの変化が多いことがわかり、また４つの融合遺伝子を見つけています（国立がん研究センター、東京大学）。

• High-resolution characterization of a hepatocelluar carcinoma genome

piRNA生合成とミトコンドリアタンパク
ホスホリパーゼDファミリーのMITOPLDとpiRNAの生合成への関わりをマウス変異モデルを使い実験。ミトコンドリア局在性への関与も示唆されました（国立遺伝学研究所）。

• MITOPLD Is a Mitochondrial Protein Essential for Nuage Formation and piRNA Biogenesis in the Mouse Germline

シーケンサーを組み合わせたアセンブル
ナンヨウアブラギリ（含油木）のDNA、RNAをシーケンス。Sanger, 454, GAを組み合わせてアセンブル解析を行い、遺伝子領域の95%をカバー（かずさDNA研究所）。

• Sequence analysis of the genome of an oil-bearing tree, Jatropha curcas L. (論文PDF)

植物変異検出のための迅速手法
EMSにより生じたシロイヌナズナのゲノム変異をGAを用いて迅速に同定するパイプラインを紹介しています（奈良先端科学技術大学院大学）。

• Identification of EMS iduced causal mutations in a non-reference Arabidopsis thaliana accession by whole genome sequencing

感染症病原体の完全長シーケンス
病原性原虫クリプトスポリジウムの完全長cDNAクローンをショットガンシーケンス。約13.5%の遺伝子でスプライスが生じていることがわかりました（帯広畜産大学）。

• Construction and analysis of full length cDNA library of Cryptosporidium parvum