June 2011    今月のトピック

今月の特集： 新たな歴史を創り出す HiSeq 2000 600Gb達成
１ランで５人のヒトゲノム解読可能になりました
今月のピックアップ論文
インプリンティングにおけるnon coding RNAの役割
シングルセルからの癌ゲノムシーケンス
癌患者の全ゲノムシーケンスでわかった融合遺伝子
次世代シーケンサーのための実験デザイン

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今月の特集： 新たな歴史を創り出す HiSeq 2000 600Gb達成

新試薬とソフトウェアのバージョンアップにより、HiSeq 2000のデータスループットが大きく拡大しました。ランあたり実に600Gb産出が可能になり、５人のヒトゲノムがわずか11日で終了します。

圧倒的なデータ量

100bpペアエンドでランあたり600Gbを達成したHiSeq 2000。リード数は60億にも達しました。イルミナR&Dでは 150bpペアエンドにて1Tbを超えるデータも産出しており、これを2007年に登場したGenome Analyzer の1Gbと比べると、わずか4年で1000倍のスループットを達成したことになります。

• HiSeq 2000 製品ページ

• HiSeq System ブローシャー：600Gb、そしてその先へ
• HiSeq System DataSheet（英語）

ブレイクスルーのユーザー経験

タッチスクリーンでラン設定を行い、試薬はラックにいれてHiSeqに格納。簡単に2つのフローセルを設置し、フローセルごとのランコントロールを可能にし、使いやすさを追求しています。

• HiSeq 2000 シンプルな操作を可能にしたデザイン（ビデオ）

コスト効率のよいデータ産出

データスループットが拡大したことで、様々なアプリケーションが、これまで以上に身近にランできるようになりました。

• ヒト全ゲノムエクソンシーケンス
  TruSeqエクソーム濃縮キットと組み合わせた場合、サンプルあたり約9万円（ランあたり96サンプル実施、サンプル調製、濃縮、シーケンスコストを含む）

• RNA-Seq
  リード数5000万とした場合、サンプルあたり約4〜8万円（ランあたり48サンプル実施、サンプル調製、シーケンスコスト含む。リード長により価格は変動）

今月のピックアップ論文

インプリンティングにおける non coding RNA の役割 
マウスのRasgrf1遺伝子におけるインプリンティングに、piRNAの経路が必須であることを発見。piRNAはレトロトランスポゾンの抑制に関与していますが、今回の発表で雄の生殖細胞のRasgrf1遺伝子DNAメチル化で生じるインプリンティングにも必須であることがわかりました。九州大学および国立遺伝学研究所からの成果です。

• Role for piRNAs and Noncoding RNA in de Novo DNA Methylation of the Imprinted Mouse Rasgrf1 Locus (日本語要約文）
  

シングルセルからの癌ゲノムシーケンス

フローサイトメーターで細胞から核を分離しシーケンス。乳癌、転移後の肝臓癌から100細胞以上を解析。GAIIxで１レーン２サンプルを解析し、細胞レベル、原発巣＆転移巣におけるコピー数の変化を測定しています。

• Tumour evolution inferred by single-cell sequencing

癌患者の全ゲノムシーケンスでわかった融合遺伝子
AML患者において、他手法では検出が難しかったPML-RARA融合遺伝子を全ゲノムシーケンスで確認。わずか7週間でシーケンスから解析、検証を終了。HiSeq 2000使用。

• Use of Whole Genome Sequencing to Diagnose a Cryptic Fusion Oncogene
  

次世代シーケンサーのための実験デザイン
サンプル数とカバレッジ、そして試薬コストを考慮し、最適なランをデザインするための論文。稀な多型検出には2〜8リードの重なりが必須、関連解析にはサンプル数を優先することを提案。詳細な数式を紹介しています。1000人ゲノムのデータセットを使用。

• Efficient Study Design for Next Generation Sequencing