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2011.02.28

	今月の特集： MiSeq デスクトップ型次世代シーケンサー

NGS

February 2011 今月のトピック

今月の特集： MiSeq デスクトップ型次世代シーケンサー
抜群の使いやすさ、スピード、低価格を特長とするコンパクトな
次世代シーケンサーMiSeqが誕生しました。
今月のピックアップ論文
iPS細胞におけるDNAメチル化プログラミングサイト
FFPEサンプル5ngからコピー数解析
ヒト全ゲノム20人のケース＆コントロール解析

今月の特集： MiSeq デスクトップ型次世代シーケンサー

抜群の使いやすさ：すべての機能を1台に集約

これまでの次世代シーケンサーは、サンプル調製、DNA増幅、シーケンス、データ解析の4つのステップがありました。MiSeqシステムではDNA増幅以降の3ステップを1台のシステムに集約しました。またカートリッジ式試薬キットを採用し、ハンズオン時間も約20分と、とにかく使いやすさを追求したシステムです。

スピード：最短8時間でDNAからデータまで
トランスポゼースを介して断片化とアダプター付加を行うNexteraテクノロジーにより2時間でサンプル調製が終了します。35bp x1のランの場合、MiSeqで4時間のDNA増幅およびシーケンス、2時間のデータ解析を自動で行います。DNAからデータまで、1日以内にランができる世界で初めての次世代シーケンサーシステムです。

Nexteraテクノロジー: Genome Biology Dec 2010

データ量：最大10億塩基を産出

世界で実績のあるイルミナ次世代シーケンサーに共通のTruSeqテクノロジーを採用し、リード長は150bp x2、リード数は680万（ペアエンド時）のランが可能です。フローセルは1レーンで、複数サンプル流す場合はマルチプレックス法を使います。

低コスト：システムは1880万円
研究室に1台を目指すMiSeqシステムは、1880万円（税抜）と導入しやすい価格設定です。システムにはDNA増幅、シーケンス機能の他、解析コンピューターも内蔵しており、解析サーバーを別途ご用意いただく必要はありません。

またランニングコストも約6～10万円程度と、ランしやすい価格帯を実現いたしました。大腸菌リシーケンスの場合、1ランで5サンプル解析が可能です。

アプリケーション：微生物、ターゲット領域、ChIP-Seqなど
コンパクトなサイズのMiSeqは、ゲノムサイズが小さい生物種（バクテリア、ウィルスなど）の全ゲノム配列解析や、ヒトターゲット領域シーケンス（PCR産物など）の他、これまで次世代シーケンサーで威力を発揮したChIP-Seq、Small RNA-Seqが行えます。

※1ラン10億塩基は、4年前にGenome Analyzerリリース時と同じ程度のデータ量となります。その後、様々なアプリケーションが誕生しています。

350～700万リードで解析をしたChIP-Seqの例：
ChIP-Seq Profiling of Estrogen Receptor Alpha Binding Sites using the Illumina Genome Analyzer

今月の論文ピックアップ

iPS細胞におけるDNAメチル化プロファイル
脂肪細胞由来のiPS細胞およびES細胞などにおける全ゲノムDNAメチル化プロファイルをバイサルファイトシーケンス。iPSとES細胞は類似したパターンであるが、中にはメチル化が異なるサイトもあることが論じられています。HiSeq 2000とGAを使用。