December 2011    今月のトピック

RAD-Seq & GBS - 動植物に適したシーケンスアプローチ

2011 分子生物学会のお知らせ

■イルミナセミナーにて特別講演決定！阪大MiSeq

■ブースにてMiSeqタイムトライアル実施、iPad2を狙おう！

今月のピックアップ論文 〜RNA特集〜
■HIV感染時のCD4+ T細胞におけるRNA解析
■シングルセルRNAを96サンプル同時解析
■ジャコウウシにおけるメタトランスクリプトーム解析

RAD-Seq & GBS - 動植物に適したシーケンスアプローチ
動植物はヒトに比べて多型の頻度が高く、また高い倍数性をもつためアレイなどを用いたSNPマーカータイピングは難しい生物種です。次世代シーケンサーが広がるとともに、こうした生物種におけるタイピングをシーケンス技術を用いて行う手法がここ数年で開発されました。

RAD-Seq
RAD-Seqは Restriction Site Associated DNA Sequence の略で、制限酵素認識サイト近隣領域を解析する手法です。オレゴン大学Eric Johnsonらが開発したこの手法は、ゲノム領域の0.1-10%程度を読むため低コストで行え、全ゲノムに比べて解析負荷も少なくて済みます。これまで動植物、昆虫など25生物種で実証されている手法です。

RAD-Seqではどれだけの解像度で関連マーカーを探索したいかによって制限酵素を選択します。トゲウオの論文例ではSbfIとEcoRIを用い、異なる表現型のサンプルを交配させたF1を高度なマルチプレックスでレーンあたり96サンプルを解析し、表現型に関連するゲノム領域をマッピングしました。

• RAD-Seq: Genotype Less, but Offer More (iCommunity記事）
• Construction and Application for QTL Analysis of a Restriction Site Associated DNA (RAD) Linkage Map in Barley （論文PDF）

GBS: Genotyping by Sequence
GBSはコーネル大学Ed Bucklerが開発した手法で、RAD-Seqと同様制限酵素を用います。RAD-Seqは認識サイト近辺をほぼすべて解読しますが、GBSは450bp程度までの断片を対象とするため、いくつか読めない領域も存在します。ただしその分プロトコールを簡素化に成功し、最近では384プレックスにも対応（トウモロコシで実施）しています。

Ed BucklerのラボではGBSのプロトコールや原理詳細を説明にしており、大変参考になるサイトを立ち上げています。

• A Robust, Simple Genotyping by Sequencing (GBS) Approach for High Diversity Species (論文PDF）

2011 分子生物学会のお知らせ
イルミナセミナーにて特別講演決定！阪大MiSeq
12/15(木)のイルミナセミナーにて、大阪大学微生物病研究所の中村先生が「MiSeqを用いた感染症のメタゲノミック診断」というタイトルで発表いただくこととなりました。中村先生の発表とあわせて、弊社よりMiSeqの最新情報をお届けします。

• イルミナ バイオテクノロジーセミナーのご案内

ブースにてMiSeqタイムトライアル実施、iPad2を狙おう！
12/13-15の期間、毎日午後3時から MiSeqタイムトライアルを開催します。次世代シーケンサーMiSeqのセットアップ時間を競うもので、毎日の上位入賞者には iPod Nano などを差し上げるほか、大会を通した最高タイムの方には iPad2 を贈呈します。また Starbucks コーヒーがついてくるブースアンケートも実施いたします。ぜひふるってご参加ください！

• MiSeqタイムトライアル開催 - あなたなら何秒でできますか？
• アンケートに記入してコーヒーを飲もう！

今月のピックアップ論文 〜RNA特集〜

HIV感染時のCD4+ T細胞のダイナミックなRNA反応
HIV感染したCD4+ T細胞のRNA解析をしたところ、感染後12時間で全体の20%、24時間では40%の発現RNAがウィルス由来のものであることが判明。感染によりT細胞活性関連の遺伝子が抑制される他、感染後24時間では300ものncRNAが異なる遺伝子発現パターンを示しました。

• Next-Generation Sequencing Reveals HIV-1-Mediated Suppression of T Cell Activation and RNA Processing and Regulation of Noncoding RNA Expression in a CD4+ T Cell Line (論文PDF）

シングルセルを96サンプル同時解析
96ウェルプレートを使い、抽出した96シングルセルを同時処理。cDNA合成時に3'側にインデックスを各シングルセル由来のサンプルにいれ、その後の処理は1チューブで実施。GAIIx 5レーン、110Mリードを使って96サンプルを解析。マウスESおよびMEF細胞を使い、既知マーカーを使わず細胞タイプ分類を行いました。

• Characterization of the Single-Cell Transcriptional Landscape by Highly Multiplex RNA-Seq

ジャコウウシにおけるメタトランスクリプトーム解析
カナダ、アラスカ、グリーンランドに生息するジャコウウシのメタトランスクリプトーム解析を実施。草食動物は消化器官に存在する微生物に依存して消化しており、植物細胞壁消化に役立つ真核生物を理解することでセルロースエタノール生産にも役立てる。108bp、25Mリードから得られた結果ではセルラーゼ酵素を多く含む結果が得られました。

• Snapshot of the Eukaryotic Gene Expression in Muskoxen Rumen - A Metatranscriptomic Approach (論文PDF）