ついにリード長150bp、95Gbへ：新試薬 TruSeq 販売開始
新試薬 TruSeq SBS キットにより、Genome Analyzer のリード長が150bp となりました。ソフトウェアのバージョンアップと組み合わせると、わずか1ランで高精度95Gb のデータが産出できます。リード長が150bpに伸びたことで、融合遺伝子の探索、de novo あるいはメタゲノムなど、応用範囲がさらに広がります。
Genome Analyzer IIx
Genome Analyzer IIx DataSheet
TruSeq 試薬でリード長と精度の向上（英文プレスリリース）

研究者とゲノムセンターをつなぐGenome Netowork で
大規模ヒトゲノムリシーケンス受託サービス開始
イルミナでは大規模なヒトゲノムリシーケンスプロジェクトにフォーカスした、Genome Network 受託プログラムを開始します。このプログラムでは50人以上、全ゲノム 30x のプロジェクトのみを対象としており、特別価格を設定しています（詳細は担当営業までお問い合せください）。また、Genome Network ではイルミナ次世代シーケンサーを所有する、世界の著名なゲノムセンターがこのプログラムのパートナーとなり、実際の解析を行います。ゲノムセンターのもつ、様々なノウハウを利用することができます。
現在 Genome Network におけるシーケンス解析メンバーとして、米国国立ゲノム資源センター（NCGR: National Center for Genome Resource) および韓国マクロジェン・GMI (Genome Medicine Institute) が登録しており、 その他ブロード研究所、BGI、ワシントン大学ゲノムサイエンス、deCODE Genetics も参加を検討しています。
研究者とゲノムセンターをつなぐGenome Network の構築（英文プレスリリース）
Illumina Genome Network 専用ページ
Illumina Genome Network DataSheet
次世代シーケンサーのデータ解析にあなたのアイディア大募集
イルミナでは次世代シーケンサーのデータ解析において、画期的な解析手法や視覚化ツール、アルゴリズムのアイディを募集するコンテスト「iDEA Challenge」を開始しました。このコンテストは大学や研究所から企業まで、あるいは個人でもグループでも応募可能です。最優秀賞には大学・研究所の場合 50K$ が授与されます（企業の場合は1年間の共同マーケティング）。
募集期間は来年3月15日までで、応募者はイルミナが用意したデータセットを用いて、解析のアイディアを考え、提出します。審査はイルミナで行い、結果発表は2011年6月に行う予定です。我こそはと思われる方、ぜひご応募ください！
2010 iDEA Challenge 専用ページ
今月の論文ピックアップ：
オーバーラップペアエンド、融合遺伝子探索、HITS-CLIP
オーバーラップペアエンドで180bp達成
Genome Analyzer のペアエンドのリード長を伸ばし、重なる部分のクオリティ値を計算するSHERA (SHort read Error Reducing Aligner)ソフトウェアの論文です。100~300bpインサートサイズのDNAを両端から143bp読み、180±40bp の長さの1リードとして配列を計算しています。またこの論文ではゲル精製を使わず、ビーズ精製でDNA断片を抽出する手法についてもふれています。
Unlocking Short Read Sequencing for Metagenomics (論文PDF）
がん融合遺伝子探索：RAFキナーゼパスウェイの転座
ペアエンドでRNAをシーケンスし、精巣がんにおける融合遺伝子を探索。追加のコホート研究では、RAFパスウェイで稀ではあるが再発性のある転座が精巣がん、胃がん、黒色腫で見つかりました。
Rearrangements of the RAF kinase pathway in prostate cancer, gastric cancer and melanoma
RNA結合タンパクのマッピング：HITS-CLIP
High Throughput Sequencing of RNA isolated by Crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) を用い、マウス脳において神経特有のスプライスファクター Nova2のRNA結合サイトをマッピング。Dab1転写産物の Dab1.7b/c エクソン上流のイントロンにNova2 が結合し、Dab1のスプライスを制御しているのではないかということが示唆されました。
Nova2 regulates neuronal migration through an RNA switch in Disabled-1 signaling
このニュースはイルミナ株式会社が毎月１回、月末に発行しています。
Copyright(C) 2010 イルミナ株式会社 記載記事の無断転記を禁じます。