今月の論文ピックアップ：パンダゲノム論文発表
Genome Analyzer を使って癌ゲノムに挑む
2009年を振り返って
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次回配信予定： 2010.01.28
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今月の論文ピックアップ：パンダゲノム論文発表
Genome Analyzer でパンダゲノムをde novoアセンブル パンダゲノムがついに論文になりました。次世代シーケンサーのショートリードで複雑なゲノムのde novo解析が可能なことを証明したこの論文は、先月のキュウリに続いて北京ゲノム研究所からの発表です。
Genome Analyzer のみを用いてアセンブルを行ったこの研究では、短鎖（150bp, 500bp）に加え、長鎖（2Kb, 5Kb, 10Kb)インサートのペアエンド法を組み合わせています。アセンブル時には長鎖インサートリードを後から解析に加えることでコンティグを伸ばし、合計でパンダゲノムの約94%にあたる約2.25Gbの配列を決定しています。また、約270万のヘテロSNPも報告しました。
The sequence and de novo assembly of the giant panda genome Genome Analyzer を使って癌ゲノムに挑む 自治医科大学の間野先生は以前よりGenome Analyzerを使って癌ゲノムの分子メカニズムを研究されています。間野先生を訪問し、お話をうかがった特集記事が今年6月にNatureに掲載されました。
がん遺伝子やmiRNAの同定により、がんのメカニズムを解明し、治療薬の開発へ 2009年を振り返って 2009年は日本でも次世代シーケンサーが大飛躍した年でした。各地でシステムの導入が進むと同時に、学会でも次世代シーケンサーを用いた発表が数多くみられています。12月9-12日に開催された分子生物学会でも、Genome Analyzerを用いてヒトゲノムのde novoアセンブルに挑戦した口頭発表や、ウシやウマなどを対象にリシーケンスあるいは遺伝子発現解析をしたポスター発表もあり、次世代シーケンサー、そしてGenome Analyzerが様々な研究分野で広く使われ始めた印象が強く残りました。
Genome Analyzer もこの1年でリード長が35bpから100bpまで伸び、スループットも数倍以上に増加しました。ロングリードに近づいたことで、メタゲノムやde novoアセンブルの論文数も登場するようになりました。今後もランあたり95Gbのスループットを目指して、開発が続きます。来年以降も、Genome Analyzerにぜひご期待ください。
