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2011.08.02

イルミナ MiSeqから大腸菌データ登場；27時間以内に1.7-2Gbデータを産出　他

NGS

August 2011    今月のトピック

MiSeqから大腸菌データ登場；27時間以内に1.7-2Gbデータを産出
■大腸菌、FFPE変異検出、メタゲノムなどアプリケーション例
2011 iDEA Challenge 入賞者発表
今月のピックアップ論文
■エクソンシーケンスで黒色腫の変異を同定
■次世代シーケンサーで臓器移植後の拒絶反応をモニター
■感染したRNAウィルス検出のためのワークフロー
■肺炎連鎖球菌における遺伝情報

癌との戦いでは次世代
シーケンサーは強力な武器

Dr. Mano

東京大学／自治医科大学 間野先生インタビュー

HiSeq 2000
１ラン600Gbの実力

HiSeq 2000
新試薬とソフトでデータスループットを大きく増加

MiSeqから大腸菌データ登場、27時間以内に1.7-2Gbデータ産出
MiSeqのパワーが明らかに
2011 年4月から受注を開始したMiSeqですが、大腸菌株2種（DH10BおよびMG1665）のラン結果が公開となりました。仕様パフォーマンスはラン あたり1Gbですが、今回のラン結果（150bp x2）ではわずか27時間で1.7〜2Gbの圧倒的なデータの産出に成功しました。

大腸菌の結果は他社システムでも公開しており、ダウンロードが可能です。下記は同じ株を用いたシーケンス結果の比較がご覧いただけます。

MiSeq大腸菌データを公開
MiSeqのシーケンス結果（FASTQ）は下記よりダウンロードいただけます。リードごとにファイルが異なりますのでご注意ください。

広がるアプリケーション
ヒトターゲット領域シーケンスの応用例として、FFPEサンプルを用いた直腸＆胃癌サンプルから、KRAS第２エクソンの変異を検出するアプリケーションノートも発表されています。さらに、5月の米国Cold Spring Harborでは、16S rRNAのメタゲノム解析も発表されました。

MiSeq日本上陸
6/8に行われたイルミナ次世代シーケンサーユーザーフォーラムにて、MiSeqの実機が登場しました。秋以降の学会ではブース展示を予定していますので、お楽しみに！

2011 iDEA Challenge 入賞者発表
次世代シーケンサーデータ解析のための新たなアルゴリズム、視覚化ツールを募集した 2011 iDEA Challenge が終了しました。7カ国、30チームの応募者には、mRNA、small RNA、メチル化、ゲノムのデータセットをイルミナが提供し、約10ヶ月の期間で革新的なツールを提案するというプログラムです。

6月に開催された表彰式では、最終選考に残った12チームが発表を行い、最優秀賞が発表。アカデミアからはペンシルバニア州立大学が、企業エントリーからはEnlis Genomicsが選ばれました。


今月のピックアップ論文

エクソンシーケンスで黒色腫の変異を同定 
黒色腫のドライバー変異探索のため、14の癌＆正常ペアをエクソンシーケンス。TRRAP変異は4名にみられ、また33%の黒色腫サンプルでGRIN2Aでの変異も検出しています。

次世代シーケンサーで臓器移植後の拒絶反応をモニター

Genome Analyzerを使い、心臓移植者の血液中非細胞DNAをシーケンスし、移植した臓器由来のDNAを定量。急性細胞性拒絶反応時には提供者由来のDNAが高まることから、バイオプシーを使わずこの非浸潤性の手法で臓器移植後の状況をモニターすることができると新たな可能性を論じています。

感染したRNAウィルス検出のためのワークフロー

ヒト組織に感染した細菌ゲノムをRNA-Seqを用いて検出するバイオインフォマティクスワークフローを提案。次世代シーケンサーのパワーを使い、1:1,000,000の頻度で検出できれば、感染症検出のために非常に高感度手法となります。

肺炎連鎖球菌における遺伝情報

19種類のCC199分離株にて遺伝多様性を解析し、悪性の高い血清型の19A分離株を発見。Genome Analyzerの結果、新しい20kbにわたる領域がバクテリオファージ遺伝子に類似しており、CC199ではこうした遺伝要因が重要であることを示唆しています。

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