100bpリードをサポート：version 4 キット発売開始
cBot：新DNA増幅・クラスター形成装置
今月の論文ピックアップ：ヒトメチローム解析とキュウリゲノムde novo
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次回配信予定： 2009.12.22
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100bpリードをサポート：version 4 キット発売開始
酵素を改良した新試薬と解析ソフトウェアPipeline v1.5で、Genome Analyzerのサポートリード長が100bpまでになりました。新試薬ではクラスター形成、シーケンスに使う酵素の正確さを改善することで、エラー率を低くし、かつリード長を伸ばしました。加えて、シーケンス反応時の時間を短縮し、100bp x2ランでもこれまでの75bp x2と同様の9.5日でランが終了します。リード長が伸びたことで、データスループットもランあたり最大33Gbとなりました。
Genome Analyzer DataSheet （英文） cBot：新DNA増幅・クラスター形成装置 これまでのCluster Stationから進化して、さらに使いやすさを追求したクラスター形成装置cBotが登場しました。タッチスクリーンパネルのコントロール、96ウェルに搭載された調製不要な試薬キット、バーコード読み取り機能など、操作性を向上し、作業は約10分で終了。シンプルなGenome Analyzerワークフローが、ますます簡単になりました。
cBot DataSheet （英文） 今月の論文ピックアップ：ヒトメチローム解析とキュウリゲノムde novo 1塩基レベルの高解像度ヒトDNAメチローム解析 以前にアラビドプシスでバイサルファイトシーケンスを発表したグループが、ヒトメチル化に挑戦。ES細胞と胎児線維芽細胞とのDNAを断片化後、バイサルファイト変換、シーケンス。それぞれ87.5Gb、91.0Gbを読み、CをT、GをAに変換した2つのリファレンスゲノムにマッピングしています。DNAメチル化の他、Small RNA、mRNA-Seq、ChIP-Seqも行い、相互解析も報告しています。
Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences キュウリゲノム：Cucumis sativus L. Genome Analyzerとサンガー法を組み合わせて、約243.5Mbのキュウリゲノムを解読。Genome Analyzerで68.3x、サンガー法で3.9xのカバレッジでシーケンスし、両者を組み合わせた解析ではN50コンティグが19.8kb、スキャフォールドN50が1,140kbとなりました。
The genome of the cucumber, Cucumis sativus L.（論文PDF）
