2つの国際ゲノムプロジェクトでデータ公開始まる
1000人ゲノム、国際癌ゲノムコンソーシアム（ICGC）
次世代シーケンサーを使った国際的なゲノムプロジェクト、1000人ゲノムプロジェクトおよび国際がんゲノムプロジェクト(ICGC)でデータの公開が始まりました。
1000人ゲノムプロジェクトでは、パイロット1（106人を平均4xでシーケンス）およびパイロット2（トリオを平均40xでシーケンス）のデータの約70%がイルミナGenome Analyzerで読まれています。
1000 Genomes Project
ICGCではイギリス（乳癌）、日本（肝癌）、オストラリアおよびカナダ（膵臓癌）からのデータの公開が始まりました。日本からは理化学研究所、国立がん研究センターが参加しています。
International Cancer Genome Consortium
◆◇ 開催間近 ◇◆ イルミナ次世代テクノロジーセミナー
「さらに進化する次世代シーケンサー：高性能化と汎用化の時代へ」
◆ 開催日程
つくば（7/6)、京都（7/8）、大阪（7/9）、東京（7/14）、札幌（7/16）
※開催が迫ってまいりました。お早目にご参加登録ください！

◆ プログラム
13:30-14:00   次世代シーケンサー機種の選び方
14:00-15:00   次世代シーケンサーを使いこなすポイント：多様化するアプリケーション
15:20-16:10   招待講演
次世代エピゲノムツールで広がる発生分化および疾患のDNAメチル化解析
        東京大学先端科学技術研究センター 永江玄太先生 【京都】
デジタルトランスクリプトーム解析による多面的な癌の標的探索
        東京大学大学院医学系研究科 石川俊平先生 【大阪】
パーソナルゲノム時代の疾患研究
        東京大学医学部神経内科 辻省次先生 【東京】
  次世代シーケンサーデータ解析とアグリバイオ分野への応用 【つくば、札幌】
        イルミナ株式会社
今月の論文ピックアップ：
nanoCAGE、インフルエンザAウィルス
今月は2報とも日本からの論文です。
超微量スタートのnanoCAGE
CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)と次世代シーケンサーを使い、わずかtotal RNA 10ngからのスタートで解析を行うnanoCAGE、および5'側の情報と下流領域の転写産物情報をペアエンド法でリンクさせたCAGEscanの手法を発表しています。
Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan
Plessy C et al. 理化学研究所オミックス基盤研究領域
ヒトに感染したインフルエンザAウィルスをde novoシーケンス
インフルエンザAウィルスに感染したヒトの肺からtotal RNAを抽出。ds cDNA作成後Genome Analyzerでシーケンス。ヒトにマップしなかったリードからインフルエンザAウィルスをアセンブルし、3か所の塩基変異を発見しています。
Characterization of Quasispecies of Pandemic 2009 Influenza A Virus (A/H1N1/2009) by De Novo Sequencing Using a Next-Generation DNA Sequencer (論文PDF）
Kuroda M et al. 国立感染症研究所

■ お知らせ
次回配信予定： 2010.7.28
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